鱼类疫苗接种方式主要包括注射、浸泡、口服、后肠灌注。与哺乳动物相比，鱼类免疫方式相对复杂，不同的鱼类接种方式也是不尽相同，同时不同接种方式免疫效果差异化较大。在给鱼类接种疫苗时。根据免疫对象的种类和数量选择最优的方式才能达到最佳效果。

疫苗接种方式主要包括以下4种：

1、注射

水产疫苗主要以注射接种为主，主要适用于经济价值较高，体型较大的鱼类。按接种部位的不同可分为肌肉注射、腹腔注射和皮下注射3种，该法能有效刺激机体产生免疫反应产生对应抗体，具有效果好、可靠、安全的优点。

2、浸泡

浸泡免疫接种是鱼类等水生动物所特有的一种免疫接种方法，是指将免疫对象放到含有一定浓度疫苗的溶液中浸泡一定时间，以达到对鱼体进行免疫的目的，以瞬间浸泡法、短时浸泡法、长时浸泡法和流水浸泡法为主。鱼类可以通过鳃、粘膜、皮肤等扩散到外周血、头肾和脾脏等系统免疫产生免疫应答。该接种方式简单易行，适宜用于大规模苗种等较小型鱼类接种，具有应激性低、成本相对低、使用方便的优点。

3、口服

口服接种法主要应用于大规模鱼群。该方法是把疫苗混入饵料中喂食鱼类，操作简单、方便，但是易受水温、水质、鱼类体质等多种因素的制约，效果不太理想，因此不太流行。但口服接种仍是当下水产疫苗开发的重点之一，例如DNA口服疫苗。

4、后肠灌注

后肠灌注又称为肛门灌注。该方法可以将未包被的疫苗直接送到鱼体肠道疫苗注意的摄入区域，省去了对疫苗的部分处理工作，可有效减轻鱼体机械损伤，但该接种方式耗时间长，需要对每一个免疫对象独立进行操作，工作强度大，不适合于大样本的群体免疫。